Culturele partners van Museum Rotterdam zijn uiteraard de andere Rotterdamse erfgoedinstellingen: Stadsarchief Rotterdam en BOOR. Zij dragen bij aan de tentoonstelling Geschiedenis van de stad in onze locatie in het Timmerhuis.

Maar de samenwerking houdt natuurlijk niet op bij de stadsgrenzen. het Convenant Stadsmuseale Regioketen is een overeenkomst tussen het Haags Historisch Museum, Stadsmuseum Zoetermeer en Museum Rotterdam. Deze samenwerking is vooral inhoudelijk en uit zich bijvoorbeeld in gezamenlijke tentoonstellingen, projecten en educatieve programma's.